对Streptococcus agalactiae进行查:开发一种基于qPCR的实验室开发的自动化测试,使用融合®开放访问TM
Andy Caballero Méndez1, Roberto A Reynoso de La Rosa1, Miguel E Abreu Bencosme1
1Molecular Biology Department, Referencia Laboratorio Clínico, Zona Industrial de Herrera, Santo Domingo Oeste, Santo Domingo, Dominican Republic.
Bio-protocol
|April 14, 2025
概括
本研究详细介绍了一种具有成本效益的方法,用于开发一种实验室开发的测试 (LDT),用于在孕妇中检测Streptococcus agalactiae,使用自动实时聚合酶连锁反应 (qPCR). 该协议优化了基础设计和验证,以实现公平的医疗保健准入.
科学领域:
- 分子诊断学 分子诊断
- 临床微生物学 临床微生物学
- 诊断中的生物信息学
背景情况:
- 实验室开发的测试 (LDT) 对于在资源有限的环境或紧急情况下的诊断至关重要.
- 核酸放大测试的标准化协议往往缺乏,阻碍了开发.
- 在孕妇中对Streptococcus agalactiae进行查对于预防新生儿感染至关重要.
研究的目的:
- 建立一个强大且具有成本效益的协议,用于开发基于实时聚合酶链反应 (qPCR) 的自动化LDT.
- 详细说明设计和验证Streptococcus agalactiae检测的寡核酸原料和探针的方法.
- 为优化测试条件和在自动化平台上验证LDT提供准则.
主要方法:
- 利用开源生物信息学工具进行原始和TaqMan探测器设计.
- 优化了CFX96 Dx分析仪上的qPCR检测的物理化学条件.
- 在Panther Fusion®开放访问TM自动化平台上开发和验证LDT.
- 采用精选丰富的直阴部拭子用于Streptococcus agalactiae检测.
主要成果:
- 使用生物信息学工具成功设计和验证了Streptococcus agalactiae的原料和探针.
- 优化了qPCR条件,从而实现了有效和可靠的测试.
- 展示了在Panther Fusion®平台上开发自动化LDT的可行性.
- 开发的LDT具有成本效益,特别是在设计和优化阶段.
结论:
- 描述的协议为开发基于qPCR的自动化LDT提供了一个全面的框架.
- 这种方法提高了诊断测试开发的效率并降低了成本.
- 经过验证的LDT有助于改善孕妇中Streptococcus agalactiae的查和管理.
