新型的转录组组合和功能注释支持非模型杆菌Ulkenia visurgensis Lng2的潜在生物技术应用

科学领域:

• 海洋微生物学 海洋微生物学
• 原生体基因组学
• 生物技术是生物技术.

背景情况:

• 石基类动物是海洋原生体,它们有价值的生产脂质,如多可沙赫萨酸 (DHA).
• 在非模型生物体中进行转录组学研究是具有挑战性的,因为参考基因组和数据库有限.
• 这阻碍了基因表达数据的高效组装和注释.

研究的目的:

• 为了执行 de novo转录组组合和功能注释的Ulkenia visurgensis Lng2.2.
• 仅使用免费和公开可用的软件和代码.
• 建立一个可复制,可访问的非模型生物转录组学策略.

主要方法:

• 使用公共领域软件 De novo 转录组装.
• 组装成绩单的功能注释.
• 生物信息分析以确定基因模型和酶活性.

主要成果:

• 组装产生了45867个基因模型和66623个转录 (连续N50的3162).
• 识别了与脂质生物合成,应激适应和异生生物降解相关的转录.
• 发现了2381个具有生物技术潜力的转录,包括新型酶如laccases,cellulases,chitinases和潜在的乳酸酶.

结论:

• 这项研究提供了一个简单的,免费访问的策略,用于 de novo转录组组合和注释在非模型生物.
• 提供了关于thraustochytrids的生物技术应用的宝贵见解.
• 扩大了thraustochytrids的有限的转录组数据,并代表了Ulkenia属的第一个分析.