在小鼠单侧尿道阻塞模型中进行miRNA表达研究的稳定家政基因的识别

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 遗传学 是一个遗传学.
• 生物化学 生物化学

背景情况:

• 微RNA (miRNA) 在各种生物过程中起着关键作用,它们的失调与脏疾病有关.
• 单侧尿管阻塞 (UUO) 是一种常见的实验模型,用于研究损伤和纤维化.
• 使用RT-qPCR精确量化miRNA表达需要选择稳定的家政基因 (HKG) 以实现正常化.

研究的目的:

• 为了确定最稳定的家政基因 (HKG) 准确的微RNA (miRNA) 表达分析脏样本从单边尿路阻塞 (UUO) 鼠标模型.
• 用多种统计算法评估12个候选小非编码RNA作为潜在的HKG的表达稳定性.
• 为了验证已识别的HKG适合于在UUO诱导的损伤的背景下使miRNA表达正常化.

主要方法:

• 候选HKG (Snord61,Snord68,Snord72,Snord95,Snord96a,U6,let-7e-5p,let-7i-3p,miR-15b-5p,miR-16a-5p,miR-26a-5p,miR-30c-5p) 从小型非编码RNA中进行了选择.
• 使用NormFinder,GeNorm,ΔCt方法和BestKeeper软件分析了基因表达稳定性.
• 使用GenEx软件和Pearson的相关性分析来确定最佳的HKG组合.
• 特定miRNAs (miR-18a-5p,miR-21a-3p,miR-29b-3p) 的表达被使用已识别的最佳HKG进行验证而正常化.

主要成果:

• 在分析中,Snord61,Snord68和Snord72被确定为不同实验组中最稳定的HKG.
• GenEx软件分析和Pearson的相关性表明,Snord61和Snord68的组合,或Snord68和Snord72,提供了最好的HKG关联.
• 在UUO模型中,Snord68和Snord72的组合被确定为通过RT-qPCR进行miRNA表达分析的最佳选择.

结论:

• 在单边尿管阻塞模型中,选择适当的管家基因对于可靠的miRNA表达量化至关重要.
• 斯诺德68和斯诺德72被确定为最稳定和最适合的家政基因,用于在接受UUO的脏样本中使miRNA表达正常化.
• 这些发现提供了验证的参考基因组,提高了基于miRNA的研究在UUO诱导的损伤的准确性和可重复性.