来自全基因组测序数据的生殖系拷贝数变异调用者的基因对比测试,用于临床应用

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 临床诊断 临床诊断 临床诊断
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 全基因组测序 (WGS) 正在在临床环境中获得吸引力,因为它具有全面的性质和成本效益,用于检测像副本数变异 (CNV) 这样的遗传变异.
• 对WGS CNV检测工具的系统评估对于生殖线临床测试至关重要,因为高灵敏度和准确的CNV确认至关重要.
• 当前的临床报告往往优先考虑编码区域内的CNV,而不是精确的断点识别.

研究的目的:

• 为了对各种短读全基因组测序 (WGS) 复制号变异 (CNV) 调用器的性能进行比较.
• 评估这些WGS CNV呼叫器对于生殖线临床测试应用的适用性.
• 确定工具和策略,以优化CNV检测灵敏度和临床报告的精度.

主要方法:

• 多个短读WGS CNV检测工具的基准测试.
• 使用已知副本编号变体的参考细胞线进行性能评估.
• 分析了基于灵敏度,精度和删除与重复的检测的工具性能.
• 在常见的临床基因中对 CNVs 进行丰富的特定一组细胞系的评估性能.

主要成果:

• 观察到CNV呼叫者灵敏度 (7%-83%) 和精度 (1%-76%) 的显著变化,很少有工具符合临床测试要求.
• 与重复 (高达47%) 相比,CNV呼叫者对删除 (高达88%) 的敏感性更高,特别是对于小于5kB的重复.
• 与已知CNVs的25个细胞系进行基准测试,发现在经常分析的临床基因中,对CNVs的敏感性和精度大大提高.
• 使用自定义后处理过器的DRAGEN v4.2调用器在优化基因面板上实现了100%的灵敏度和77%的精度,不包括反复出现的工件.

结论:

• 现有的WGS CNV呼叫器在广泛的临床应用中显示出灵敏度和精度的限制.
• 对于删除而不是重复,性能明显更好,并且小重复仍然难以检测.
• 优化的基因面板和先进的调用算法,如DRAGEN v4.2,加上自定义过,显示出临床实用性的希望.
• 需要对实验室特定样本进行进一步的验证,但高性能CNV检测可能与正交确认方法相结合时支持临床使用.