在肝脏中通过ATAC-seq定义的足迹QTL与转录因子结合相关的非编码变异的表征
Max F Dudek1, Brandon M Wenz2, Christopher D Brown3
1Center for Spatial and Functional Genomics, Children's Hospital of Philadelphia, Philadelphia, PA 19104, USA; Graduate Group in Genomics and Computational Biology, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA 19104, USA.
我们通过分析ATAC-seq数据确定了足迹定量特征位点 (fpQTLs),将遗传变异与转录因子结合联系起来. 这些fpQTLs有助于确定复杂疾病的全基因组关联研究 (GWAS) 的因果变异.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 分子生物学分子生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 来自全基因组关联研究 (GWAS) 的非编码变异通常存在于调节元素中,这表明它们会破坏转录因子 (TF) 结合和 cis调节序列.
- 使用测序 (ATAC-seq) 检测转化酶可访问染色体,通过识别结合TFs阻断Tn5转化酶插入的"足迹"来检测TF占用.
研究的目的:
- 为了识别与TF结合相关的变异,称为"足迹定量特征位点" (fpQTLs),使用来自人类肝脏样本的ATAC-seq数据.
- 利用fpQTL进行精细映射GWAS位置并了解非编码变体对复杂特征的功能影响.
主要方法:
- 从170个人类肝脏样本中生成的ATAC-seq数据.
- 利用计算工具来量化TF结合概率作为通过全基因组测序识别的变体的"足迹得分".
- 执行了基因型和足迹得分之间的关联测试,以确定fpQTLs.
主要成果:
- 发现了809个与足迹推断TF结合相关的fpQTL,错误发现率 (FDR) <5%.
- 证明fpQTLs精确地在广的GWAS loci中确定TF活动,帮助精细映射工作.
- 观察到肝脏fpQTLs在ChIP-seq峰值,表达QTLs (eQTLs) 和肝脏相关的GWAS位点的丰富,TF结合效应和序列动机效应之间有78%的一致性.
结论:
- fpQTLs可以揭示GWAS中的因果变异,阐明TF结合中断在复杂特征中的作用,并提供对非编码变异的功能洞察.
- 这种方法为了解常见疾病的遗传结构提供了一个强大的工具,并可能为新的治疗策略提供信息.
更多相关视频
11:11Adipocyte-Specific ATAC-Seq with Adipose Tissues Using Fluorescence-Activated Nucleus Sorting
Published on: March 17, 2023
11:35Screening for Functional Non-coding Genetic Variants Using Electrophoretic Mobility Shift Assay EMSA and DNA-affinity Precipitation Assay DAPA
Published on: August 21, 2016
相关概念视频
01:30General Transcription Factors
02:16Transcription Factors