SysQuan:重新利用SILAC小鼠进行成本效益高的人类蛋白质组绝对量化
Yassene Mohammed1, Vincent R Richard2, M Immanuel Reyes Madlangsakay3
1Segal Cancer Proteomics Centre, Lady Davis Institute for Medical Research, Jewish General Hospital, Montreal, Quebec, Canada; Gerald Bronfman Department of Oncology, Jewish General Hospital, Montreal, Quebec, Canada; Center for Proteomics and Metabolomics, Leiden University Medical Center, Leiden, The Netherlands.
Molecular & cellular proteomics : MCP
|April 20, 2025
概括
通过将小鼠组织重新用作内部标准,SysQuan 能够在蛋白质组学中实现负担得起的绝对量化. 这种方法克服了相对量化的局限性,使大规模的人体研究和数据可重复使用成为可能.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 蛋白质组学中的相对量化受到批量效应的限制,阻碍了全人口研究.
- 绝对量化提供了更好的可比性,但由于稳定同位素标记 (SIL) 标准而昂贵.
- 目前的方法限制了可量化的蛋白质的获取和数量.
研究的目的:
- 推出SysQuan,一种用于成本效益高的绝对蛋白质量测量的新方法.
- 为了能够对人类蛋白质组的很大一部分进行绝对量化.
- 为了促进大规模,可比的蛋白质组学研究.
主要方法:
- 重用SILAC (细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记) 鼠标组织/生物流体作为人类样品的全系统内部标准.
- 利用老鼠和人类蛋白质组之间共享的三性来进行量化.
- 利用非定向的SysQuan数据集进行采集后的量化.
主要成果:
- SysQuan 能够在理论上量化人类蛋白质组的三分之二.
- 证明了70%的肝脏和31%的血蛋白质的量化.
- 展示了使用小鼠组织的代谢蛋白质的经济有效的逆绝对量化.
结论:
- 在大规模绝对蛋白质组学中,SysQuan为相对量化提供了一个负担得起的替代方案.
- 能够在实验室,研究和时间之间进行数据比较.
- 促进了新的研究设计,并提高了数据的可重复使用性.
