高通量工作流程,用于无洗剂的基于细胞的蛋白质特性鉴定

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 生物化学 生化学
• 细胞生物学 细胞生物学

背景情况:

• 高通量 (HTP) 蛋白质的量化对于大型生物研究至关重要.
• 当前的方法可能是耗时和劳动密集型的,限制了可扩展性.
• 需要自动化工作流来加速蛋白质组分析.

研究的目的:

• 开发一种自动化,高通量基于细胞的工作流程,用于使用液态染色体质谱法 (LC-MS) 量化蛋白质.
• 为了使大规模的扰动研究在一个96井板格式.
• 为了优化细胞溶解,蛋白质溶解和准备用于快速分析.

主要方法:

• 利用适应性聚焦声学 (AFA) 进行自动细胞解离和蛋白质溶解,采用96井板格式.
• 在自动化液体处理平台上,在2小时内将蛋白质整合加工成三性.
• 采用数据独立采集质谱法 (DIA-MS) 来量化蛋白质.

主要成果:

• 成功量化了来自AC16人类心肌细胞样细胞的5100多种独特蛋白质.
• 实现了高吞吐量,在大约4小时内处理一个96井板.
• 证明了高可重复性,50%的测量蛋白质显示变异系数 (CV) 低于25%,从约30,000个细胞.
• 总共有识别了超过3万个.
• 一个优化的无洗剂缓冲器产生了类似的结果,识别了5000种蛋白质,其中40%的CV低于25%.

结论:

• 开发的自动化工作流显著提高了通过LC-MS通过细胞蛋白质量化的吞吐量.
• 这种HTP方法适用于大规模扰动研究和复杂的生物研究.
• 工作流程展示了强大的蛋白质识别和定量化,具有高可重现性.