在印度的Ailanthus excelsa中,新的SSR标志物发展和遗传多样性评估
Rama Kant1, Rajendra K Meena1, Rimpee Garg1
1Division of Genetics and Tree Improvement, ICFRE-Forest Research Institute, Dehradun, Uttarakhand 248 195 India.
概括
这项研究开发了Ailanthus excelsa的新遗传标记,这是一种重要的农林树. 这些简单的序列重复 (SSR) 标记揭示了高度的遗传多样性,对于改善这种多用途物种至关重要.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 植物遗传学和育种 植物遗传学和育种
- 农业林业和树木改善
背景情况:
- 艾兰 (Ailanthus excelsa) 是印度干旱地区快速生长,多用途的农林树种,在森林外广泛种植.
- 缺少基因组资源和标记物阻碍了Ailanthus excelsa的系统基因改进计划,影响了优质种植材料的可用性.
- 为了有效地选择工业利能力,需要了解和利用基数种群内的遗传变异性.
研究的目的:
- 为了生成Ailanthus excelsa的基因组序列信息.
- 为基因分析开发新的简单序列重复 (SSR) 标记物.
- 评估Ailanthus excelsa种群的遗传结构和多样性.
主要方法:
- 使用Illumina平台进行全基因组测序以生成原始读数.
- 从新组装阅读到连接和识别微卫星的重复.
- 设计和验证SSR原料对,然后进行PCR放大和多态分析.
主要成果:
- 大约有9600万个原始读数被组装成约183,000个连接.
- 总共有7667个微卫星重复被确定,其中二核酸是最丰富的.
- 开发了15种多态SSR标记物,并用于分析213个个体,揭示了高基因多样性 (He = 0.71) 和低遗传差异化.
结论:
- 这项研究成功地为Ailanthus excelsa.生成了一套全面的de novo SSR标志物.
- 建立了对Ailanthus excelsa种群遗传结构的基础知识.
- 这些发现对于有效的保护策略和长期基因改进计划至关重要,这些有价值的农业林业物种.
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