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Updated: May 5, 2026
11:03
Massively Parallel Reporter Assays in Cultured Mammalian Cells
Published on: August 17, 2014
21.4K
MPRAbase是一个大规模并行记者测试数据库
Jingjing Zhao1, Fotis A Baltoumas2, Maxwell A Konnaris3
1University of California San Francisco.
Genome research
|April 22, 2025
概括
MPRAbase是大规模并行报告测试 (MPRA) 的新数据库. 它集中了来自130项实验的数据,涵盖了超过1700万个监管要素,使MPRA数据更容易获得研究.
科学领域:
- 基因组学和分子生物学
- 生物信息学和计算生物学
背景情况:
- 大规模并行报告员测定 (MPRA) 是评估基因调节活动的高通量技术.
- 监管机构有多种应用,包括监管要素的发现和变异效应分析.
- 缺乏MPRA结果的集中,全面的数据库,阻碍了数据的可访问性和整合.
研究的目的:
- 开发MPRAbase,一个手动策划的数据库,巩固MPRA实验结果.
- 提供一个用户友好的平台,在各种情况下访问和分析MPRA数据.
主要方法:
- 从130个已发表的MPRA实验中手动整理数据.
- 整合了关于 17,718,677 个测试元素, 35 种细胞类型和 4 种生物的信息.
- 开发一个用于数据探索和下载的Web界面.
主要成果:
- 目前MPRA数据库包含来自130个MPRA实验的数据.
- 该数据库包含超过1770万个监管元素,分析了各种生物系统.
- 为公众使用,已经建立了一个集中,可访问的Web界面.
结论:
- MPRAbase解决了对MPRA数据的全面存储库的需求.
- 该数据库有助于检查和下载监管要素活动数据.
- MPRAbase将支持基因调节,变异分析和进化基因组学方面的进一步研究.
