在单细胞分辨率下检测病毒序列可以识别与宿主基因表达变化相关的新型病毒
Laura Luebbert1,2,3,4, Delaney K Sullivan5,6,7, Maria Carilli5,6
1Division of Biology and Biological Engineering, California Institute of Technology, Pasadena, CA, USA. lauralubbert@gmail.com.
Nature biotechnology
|April 22, 2025
概括
一种新方法通过使用RdRP蛋白质测序数据来检测多种RNA病毒,使得单细胞分析病毒感染和宿主反应成为可能. 这种方法可以识别新型病毒,并根据宿主基因表达来预测病毒的存在.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 高通量测序有助于病毒监测,但目前的方法受到参考基因组的限制或缺乏单细胞分辨率.
- 在复杂的生物样本中识别病毒仍然是研究,农业和医疗保健的挑战.
研究的目的:
- 开发一种用于在批量和单细胞转录组学数据中准确和快速检测病毒序列的新方法.
- 为了使宿主病毒体,病毒热带和宿主反应在单细胞分辨率下进行表征.
- 根据宿主基因表达识别新型病毒并预测病毒存在.
主要方法:
- 一种基于高度保守的RNA依赖RNA聚合酶 (RdRP) 蛋白质的新型检测方法.
- 适用于大量和单细胞RNA测序数据.
- 从感染埃博拉病毒疾病的 rhesus macaque 来分析周围血液单核细胞数据.
主要成果:
- 该方法可以准确检测到超过10万种RNA病毒物种.
- 能够在单细胞分辨率下对病毒存在和宿主基因表达进行并行分析.
- 在样本中识别了以前未知的假定病毒,并根据宿主基因表达准确预测了病毒存在.
结论:
- 基于RdRP的方法为全面的病毒发现和宿主-病原体相互作用研究提供了强大的工具.
- 这种方法提高了我们对各种环境中的病毒多样性和疾病相关性的理解.
- 促进病毒学,传染病和个性化医学的先进研究.
