一个更新的微阵列和RNA-seq对度响应的转录学研究的比较:用两个大麻素,cannabichromene和cannabinol的案例研究

科学领域:

• 毒素基因组学 毒素基因组学
• 计算生物学 计算生物学
• 分子毒理学 分子毒理学

背景情况:

• 转录基因基准度 (BMC) 建模对于具有有限数据的化学品的监管风险评估至关重要.
• 由于其精度和动态范围,RNA测序 (RNA-seq) 越来越受青,而不是转录学中的微阵列.
• 在度反应研究中,RNA-seq与微阵列的比较优势尚不清楚.

研究的目的:

• 为了比较微阵列和RNA-sequencing (RNA-seq) 平台在度反应转录学研究中的性能.
• 评估两种平台对使用大麻素作为案例研究进行毒理风险评估的有用性.
• 确定RNA-seq是否为识别化合物诱导效应提供了比微阵列更大的优势.

主要方法:

• 来自微阵列和RNA序列的基因表达数据的比较分析.
• 作为案例研究,利用了两个大麻素,大麻烯 (CBC) 和大麻 (CBN).
• 应用基因组丰富分析 (GSEA) 和基准度 (BMC) 建模,以评估转录基因起点 (tPoD) 值.

主要成果:

• 微阵列和RNA-seq平台都在应对CBC和CBN暴露时发现了类似的基因表达模式.
• RNA-seq检测到更多的非编码RNA转录和具有更广泛动态范围的差异表达基因 (DEG).
• 基因组丰富分析 (GSEA) 显示,在识别受影响的功能和途径方面,这两种平台的性能相当.
• 来自BMC建模的转录组起点 (tPoD) 值在微阵列和RNA-seq.之间是可比的.

结论:

• 微阵列和RNA-seq在度反应转录组学研究和BMC建模中表现出相当的性能.
• 微阵列仍然是机械路径识别和度-反应建模的成本效益和可行选择.
• 微阵列和RNA-seq之间的选择可能取决于特定的应用需求,成本和数据分析基础设施.