液中的微生物多样性和社区组成的动态变化,以应对各种储存温度和保存时间
Chang Liu1, Jin Cheng1, Yunong Xie1
1Jiangxi Province Key Laboratory of Animal Nutrition and Feed, College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang 330045, China.
Veterinary sciences
|April 23, 2025
概括
液的微生物多样性不受储存温度 (-80°C或-20°C) 的影响. 然而,储存时间显著影响微生物组成,在14天后观察到变化,这表明对皮样本的及时分析.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 动物科学动物科学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 体微生物群落对于宿主动物的健康和营养至关重要.
- 准确评估肠微生物多样性和组成对于研究至关重要.
- 为了确保可靠的结果,需要标准化样品保存方法.
研究的目的:
- 调查储存温度 (-80°C vs. -20°C) 和保存时间对反液微生物多样性和社区组成的影响.
- 为了确定最佳的储存条件和时间框架,以保持16S rRNA基因测序的肠微生物DNA的完整性.
主要方法:
- 胡羊的液样本在-80°C和-20°C下保存长达240天.
- 在不同的时间点进行了DNA提取和16S rRNA基因测序.
- 使用生物信息学工具分析了微生物多样性 (α-多样性) 和社区组成,包括PCoA和NMDS.
主要成果:
- 储存温度的影响很小,只影响蛋白质细菌的相对丰度.
- 阿尔法多样性在7天后显示出动态变化,而特定微生物群 (Verrucomicrobiota,Christensenellaceae R-7群) 和代谢途径的显著变化发生在14天后.
- 在240天后,在Patescibacteria,Rikenellaceae RC9肠道组和Veillonellaceae UCG-001中观察到明显的变化.
结论:
- 储存温度不会显著影响皮的微生物多样性或社区组成.
- 储存时间显著影响起的微生物特征,14天后出现显著变化.
- 液样本最好在收集后14天内进行分析,以保持微生物群体的完整性.
