在毛,PBMC和唾液样本中,infinium甲基化EPICv1与EPICv2之间的DNAm年龄差异
Jian Hua Tay1,2, Yi Ern Chew1,2, Weilan Wang1,2
1Healthy Longevity Translational Research Programme, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore, Singapore, 117456, Singapore.
Communications biology
|April 24, 2025
概括
与EPICv1相比,Infinium甲基化EPICv2阵列显示系统偏差,特别是基于非主要成分 (PC) 的DNA甲基化钟和唾液样本. 这影响了DNA甲基化年龄估计的准确性.
科学领域:
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- DNA甲基化年龄估计是衰老研究中的关键生物标志物.
- 甲基化EPIC阵列 (EPICv1和EPICv2) 被广泛用于整个表观基因组的关联研究.
- 评估阵列性能对于一致和可靠的表观遗传年龄预测至关重要.
研究的目的:
- 为了比较EPICv1和EPICv2数组之间的DNA甲基化年龄估计.
- 评估11个DNA甲基化钟在不同样本类型 (毛,PBMC,唾液) 的性能.
- 为了识别EPICv2阵列引入的潜在偏差.
主要方法:
- 来自16名健康个体的DNA甲基化数据使用EPICv1和EPICv2数组进行了分析.
- 应用了11个DNA甲基化时钟,包括以主要成分为基础的和非PC为基础的.
- 使用斯皮尔曼相关性,布兰德-阿尔特曼图表和威尔科克森签名-等级测试来评估协议.
主要成果:
- 在大多数时钟中,EPICv1和EPICv2之间发现了很高的相关性 (ρ > 0.8),除了DunedinPACE,YingDamAge和YingAdaptAge.
- 基于主要组件的钟表表现出较低的平均绝对百分比误差 (MAPE),而不是基于PC的钟表.
- 唾液样本显示了数组之间的最大变化,EPICv2引入了系统偏差,特别是在非PC时钟.
结论:
- 与EPICv1相比,EPICv2阵列显示了系统偏差,影响了DNA甲基化年龄估计.
- 不基于PC的时钟和唾液样本特别容易受到这些偏差的影响.
- 研究人员在比较不同数组版本的结果时应该谨慎.
