高通量选数据生成,评分和FAIRification:一个关于纳米材料的案例研究
Gergana Tancheva1,2, Vesa Hongisto3, Konrad Patyra3
1Ideaconsult Ltd., 4 Angel Kanchev Str, 1000, Sofia, Bulgaria. gerganatancheva1@gmail.com.
Journal of cheminformatics
|April 24, 2025
概括
一个新的高通量查 (HTS) 协议,Tox5-score,标准化了体外毒性测试,用于快速评估包括纳米材料 (NM) 在内的各种药物的危害. 这种符合FAIR标准的计算工具自动化了数据处理和分析,增强了安全评估.
科学领域:
- 毒理学和计算化学
- 纳米材料安全性评估
- 在化学危险评估中的数据科学.
背景情况:
- 高通量选 (HTS) 提供了一种强大的方法,用于基于危险的排名和分组各种代理,包括纳米材料 (NM).
- 标准化协议对于一致可靠的体外毒性数据生成和解释至关重要.
- 现有的HTS数据处理方法可能是人工和耗时的,阻碍了快速评估.
研究的目的:
- 开发和介绍一种标准化,自动化的HTS衍生协议,用于基于有毒作用模式的危险评估.
- 引入Tox5评分,这是一个综合性危险值,整合了五项测试的数据.
- 为了方便FAIR数据处理和整合HTS衍生的毒性数据.
主要方法:
- 开发基于人体细胞的HTS协议,结合五项毒理学测试.
- 实施自动化数据 FAIRification,预处理和得分计算.
- 创建一个Python模块 (ToxFAIRy) 和一个Orange数据挖掘附加程序 (Orange3-ToxFAIRy) 用于工作流管理.
- 将FAIR HTS数据转换为NeXus格式,用于集成数据和元数据处理.
主要成果:
- 一个标准化的HTS协议,产生基于毒性作用模式的广泛毒性危险值 (Tox5评分).
- 自动化数据 FAIRification,预处理和得分计算能力.
- 一个计算工具 (ToxFAIRy和Orange3-ToxFAIRy) 用于高效的HTS数据分析和可视化.
- 便于将HTS数据转换为NeXus格式,使数据集成和共享成为可能.
结论:
- 开发的HTS驱动的计算工具能够快速,同时对多种药物进行危险分析.
- 该协议提高了HTS衍生数据在材料开发和安全评估中的适用性.
- 这种方法为手动数据处理提供了替代方案,提高了毒性测试和作用模式研究的效率和数据丰富性.
