使用LDpred2调整多基因风险评分技术以创建甲基化评分

科学领域:

• 遗传学 是一个遗传学.
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 多基因风险评分 (PRS) 对于使用全基因组关联研究 (GWAS) 预测疾病风险至关重要.
• LDpred2包是一个流行的工具,用于从GWAS总结统计数据中创建PRS,使用链接不平衡 (LD) 作为先决条件.
• 衡量基因基因之间的非随机关联的度量LD并不直接适用于DNA甲基化数据.

研究的目的:

• 评估LDpred2包的适应性,以从全甲基组关联研究 (MWAS) 获得DNA甲基化得分.
• 探索替代结构先验,如共甲基化区域和拓关联域 (TADs),以建模甲基化位点之间的相关性.
• 用精神分裂症和对照样本的甲基化数据评估基于LDpred2的模型的性能.

主要方法:

• 对MWAS数据的LDpred2 R包的调整.
• 实施替代结构先验:共甲基化区域,TAD和基因组滑动窗.
• 使用精神分裂症甲基化数据 (N=1,227) 的性能评估和与现有方法的比较.

主要成果:

• 使用TAD和滑窗集群作为先验的LDpred2模型显示性能与现有方法相比,解释了约3.6%的精神分裂症表型变异.
• 使用共甲基化区域的模型由于探针集群不足而表现不佳.
• 来自TAD的边际业绩增长表明,这种特定的结构优先事项的收益有限.

结论:

• LDpred2包可以适应DNA甲基化得分的导出.
• 目前的适应性并没有显著优于现有的甲基化分析方法.
• 在这种情况下,选择结构先验 (例如,TADs) 可能不是绩效的关键决定因素.