在使用snRandom-seqq的形式素固定的抛嵌入样本的单核总RNA测序.
Ziye Xu1,2, Yuexiao Lyu1, Haide Chen1
1Department of Laboratory Medicine of The First Affiliated Hospital & Liangzhu Laboratory, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China.
Nature protocols
|April 25, 2025
概括
snRandom-seq使单核RNA测序从具有挑战性的甲固定嵌 (FFPE) 组织中成为可能. 这种新的方法增强了RNA检测,并提供了一个为期4天的协议来分析存档的临床标本.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 甲固定嵌 (FFPE) 组织是丰富的临床数据来源,但难以单核RNA测序.
- 现有的高通量单细胞/单核RNA测序 (sc/snRNA-seq) 方法在FFPE样本质量和RNA完整性方面面临挑战.
研究的目的:
- 开发和验证一种针对FFPE组织特别优化的单核RNA测序 (snRNA-seq) 的新方法.
- 克服RNA捕获和检测在存档的临床样本中的局限性.
主要方法:
- 开发了snRandom-seq,一种基于FFPE snRNA-seq.的滴滴和随机原始技术.
- 协议包括单核隔离,现场DNA阻断,逆转录,dA尾巴,条形码和库准备.
- 使用随机启动器进行全面的总RNA捕获.
主要成果:
- snRandom-seq实现了0.3%的低翻倍率.
- 与其他方法相比,证明了RNA覆盖率的增加和非编码和新生RNA的增强检测.
- 整个协议在4天内完成.
结论:
- snRandom-seq是FFPE临床样本的snRNA-seq分析的一个强大而高效的平台.
- 这项技术扩大了存档组织的实用性,用于研究复杂的生物系统和疾病.
- 能够从历史患者队伍中更深入地了解细胞异质性和分子机制.


