在狐尾小米中基于SRS转录因子家族的泛基因组基因表征
Ruimiao Li1, Cuiyun Lei1, Qiang Zhang1
1Shanxi Hou Ji Laboratory, College of Life Sciences, Shanxi Agricultural University, Taigu, Jinzhong 030801, China.
Plants (Basel, Switzerland)
|April 26, 2025
概括
狐尾小米是什么意思 狐尾小米是什么意思
科学领域:
- 植物基因组学 植物基因组学
- 转录因子 转录因子
- 基因家族的演化 基因家族的演化
背景情况:
- 短内节相关序列 (SRS) 家族是植物特有的转录因子,对发育至关重要.
- 了解SRS基因家族动态对于作物改进至关重要.
研究的目的:
- 使用泛基因组数据系统地研究狐尾小米中的SRS基因家族.
- 建立SRS基因的标准化命名体系并分析它们的进化模式.
- 确定参与非生物应激反应的关键SRS成员.
主要方法:
- 对110个狐尾小米生殖质资源和两个高质量的基因组进行了泛基因组分析.
- 识别和SRS成员的分布分析,包括副本数量变化 (CNV) 和转移.
- 全基因组对线性分析与相关的植物物种.
- Ka/Ks比率分析和促进者分析.
- 在干旱和盐分压力下进行基因表达分析.
主要成果:
- 识别了狐尾小米中的SRS成员,并描述了它们的分布模式.
- 为SRS基因提出了一个新的命名法 (Accession_SiSRSN[.n]_xDy或xTy).
- 在高质量的基因组中发现了六个核心SRS成员,并揭示了对SiSRS基因起作用的净化选择.
- 在SRS基因促进体中确定了应激反应的cis元素.
- 在植物生长过程中高度表达的xm_SiSRS5基因在非生物压力下下调,表明它具有负面的调节作用.
结论:
- 全基因组学有效地解决了狐尾小米的基因家族动态.
- 拟议的命名方便了对SRS基因变异的研究.
- SiSRS5是非生物应激反应的关键负调节剂,也是增强狐尾小米应激耐受性的潜在目标.
