基于生物信息学,识别细胞衰老相关的基因作为狼性炎的生物标志物
Wei Chen1,2, Xiaofang Wang1,3, Guoshun Huang1,2
1No.1 Clinical Medical College, Nanjing University of Chinese Medicine (Jiangsu Province Hospital of Chinese Medicine), Nanjing, Jiangsu, China.
Frontiers in genetics
|April 28, 2025
概括
这项研究确定了三种关键基因 (ALOX5,PTGER2,PRKCB),与细胞衰老和狼性炎 (LN) 有关. 这些生物标志物为诊断和治疗狼的严重并发症LN提供了新的见解.
科学领域:
- 免疫学和科 免疫学和科
- 细胞生物学 细胞生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
背景情况:
- 狼性炎 (LN) 是系统性红斑狼的严重并发症,其病因不明确,治疗方法不满意.
- 细胞衰老,以衰老相关的分泌表型 (SASP) 为特征,涉及加速LN进展和死亡率.
- 目前对LN的诊断方法,主要是脏活检,突出显示了对新生物标志物的需求.
研究的目的:
- 识别与细胞衰老相关的基因,这些基因在狼性炎 (LN) 中具有差异性表达.
- 通过综合生物信息学分析发现LN的新生物标志物.
- 探索已识别的生物标志物在LN中的潜在病理生理学作用.
主要方法:
- 利用MSigDB和GEO数据库获得细胞衰老和LN的基因组.
- 应用差异基因分析,权重基因共同表达网络分析 (WGCNA) 和机器学习算法来识别枢纽基因.
- 进行外部验证以过枢纽基因并确认生物标志物,随后进行基因组丰富分析 (GSEA) 进行功能探索.
主要成果:
- 确定了432个细胞衰老基因,1208个在LN中差异表达的基因 (DEGs) 和840个在关键LN模块中的基因.
- 使用机器学习选了六个枢纽细胞衰老DEG (CS-DEG),ALOX5,PTGER2和PRKCB作为生物标志物通过了外部验证.
- 在GSEA中发现了"B细胞受体信号通路"和"NF-kappa B信号通路"中的三个生物标志物的丰富.
结论:
- 确定ALOX5,PTGER2和PRKCB作为狼性炎 (LN) 的重要生物标志物.
- 这些生物标志物在LN病原发生中发挥关键作用,可能通过B细胞受体和NF-kappa B信号通路.
- 这些发现为改善LN的诊断和治疗策略提供了新的见解.
