通过在纳米孔中直接全长测序对微RNA进行定量和复合分析
Chenzhi Shi1,2, Donglei Yang2, Xiaowei Ma1
1Department of Laboratory Medicine, Renji Hospital, School of Medicine, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200127, China.
Journal of the American Chemical Society
|April 28, 2025
概括
直接miR-seq是一种纳米孔测序方法,可实现全长的微RNA测序,以全面分析它们的丰度和修饰. 这一突破为复杂生物样本中的小RNA研究提供了高产量和精度.
科学领域:
- 分子生物学
- 基因组学
- 生物技术
背景情况:
- 微RNA (miRNA) 是生物过程中的关键调节分子.
- 短miRNA的全长测序是具有挑战性的,因为它们的尺寸很小.
- 现有的方法缺乏对miRNA序列,丰度和修改的全面分析.
研究的目的:
- 开发一种直接的全长微RNA测序的新方法.
- 提高miRNA测序的产量,准确性和减少偏差.
- 为了实现单分子,单基 miRNA 丰度和修改的分辨率.
主要方法:
- 开发了基于纳米孔的直接RNA测序 (DRS) 方法Direct-miR-seq.
- 在5'和3'端使用定制核酸适配器延长miRNAs.
- 将该方法应用于来自细胞和人血清的原生RNA.
主要成果:
- 与标准的DRS相比,直接miR-seq获得了26倍的测序产量.
- 在miRNA物种之间减少偏差和低序列错误率.
- 在复杂样本中成功捕获和量化了大约100种miRNA,包括m6A修饰.
结论:
- 直接miR-seq为全面的miRNA分析提供了一个强大的平台.
- 该方法可方便精确量化miRNA的丰度和修饰.
- 直接miR-seq具有涉及小RNA测序的多种生物和医学应用的潜力.
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