基于LC-MS的代谢学和脂质学中染色学峰值的自动化整合和质量评估,使用TARDIS

科学领域:

• 计算代谢学是指计算代谢学.
• 分析化学是一种分析化学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 液体染色学-质谱学 (LC-MS) 是代谢组分析的关键.
• 手动预处理目标LC-MS数据是耗时的,并且依赖于供应商软件.
• 针对目标LC-MS数据预处理的开源工具是有限的.

研究的目的:

• 引入TARDIS,这是一个开源的R包,用于针对性的LC-MS代谢和脂管学数据分析.
• 提供高效和强大的峰值集成和质量评估指标.
• 为大规模LC-MS数据分析提供可扩展的解决方案.

主要方法:

• 开发了TARDIS,一个R包,包含既定和新的高峰质量指标.
• 包括诸如曲线下的面积,最大强度,高峰点上的点,定制的信号噪声比率和钟曲线相似度等指标.
• 验证了TARDIS与供应商软件以及各种生物流体和LC-MS仪器的峰值集成.

主要成果:

• 塔迪斯展示了强大的峰值集成,与最先进的供应商软件相美.
• 该套件的可扩展性在来自三个生物流体 (便,唾液,尿液) 和两个LC-MS仪器的大数据集 (n=1786) 上得到验证.
• 塔迪斯提供高效的高峰质量评估.

结论:

• 塔迪斯是一个强大的,可扩展的,开源的解决方案,用于针对性的LC-MS代谢学和脂管学数据分析.
• 该软件包简化和增强了针对性LC-MS数据的预处理.
• 塔迪斯是免费可用的,促进在计算代谢学研究更广泛的采用.