优化RT-qPCR多重检测,同时检测废水中的肠道和呼吸道病毒

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 分子诊断学 分子诊断学
• 公共卫生病毒学.

背景情况:

• 污水监测对于监测传染病爆发至关重要.
• 多重实时定量逆转录PCR (RT-qPCR) 试验可提供高效的病原体检测.
• 优化多重测试对于准确可靠的结果至关重要.

研究的目的:

• 为了优化肠道RT-qPCR多重检测,以检测废水中的诺罗病毒 GII,肠道病毒和Coxsackievirus A6或D68肠道病毒.
• 试图优化呼吸道RT-qPCR多重检测对流感A,呼吸道同胞病毒和SARS-CoV-2的多重检测.
• 在社区爆发期间评估优化试验的性能.

主要方法:

• 开发和优化多重RT-qPCR测定用于肠道和呼吸道病原体.
• 在城市废水样本上进行测试分析.
• 与寡核酸交叉反应和探针选择相关的故障排除挑战.

主要成果:

• 成功优化的肠多重测试在手足口病爆发期间检测到Coxsackievirus A6.
• 肠道病毒D68在废水中被检测到,与公共卫生报告相关.
• 呼吸系统多重检测的优化遇到了交叉反应问题,但战略探针选择 (Cy5 / HEX用于高丰度,德克萨斯红色 / FAM用于低丰度) 提高了稳定性.

结论:

• 优化的肠复合RT-qPCR测定对特定肠道病毒的废水监测有效.
• 呼吸系统多重检测的优化需要仔细选择探针,以减轻交叉反应和提高性能.
• 使用优化多重测试的废水监测可以为社区病毒循环提供宝贵的见解.