少量的错组装可能对基于泛基因组的元基因组分析产生不成比例的影响

科学领域:

• 微生物组研究的研究.
• 转基因组学是指转基因组学.
• 主体-微生物相互作用

背景情况:

• 微生物基因影响宿主表型,使其准确的识别至关重要.
• 超基因组学工具通过从组装的基因组中获得的泛基因组来估计微生物基因拷贝数.
• 在元基因组组装基因组 (MAG) 中的污染可能会损害泛基因组准确性和下游分析.

研究的目的:

• 调查污染对基因组组装基因组对基于泛基因组的基因水平分析的影响.
• 开发和验证一种方法,用于识别和从基因组数据集中去除污染物.
• 在考虑污染后,重新评估肠道微生物组基因含量与肝硬化之间的关联.

主要方法:

• 在肝硬化患者的病例控制肠道微生物组研究的重新分析.
• 在开始性Clostridia中识别差异性流行基因.
• 序列相似性搜索和基因与物种相关性分析以检测污染物.
• 开发PanSweep管道,用于自动识别和分析污染物.

主要成果:

• 在肝硬化研究中发现的差异性流行基因中,大约38%的基因可能是来自不相关的种群的污染物.
• 在元基因组组合中,即使是少量污染 (<5%) 也可能导致显著的虚假阳性关联.
• 一种基因与物种的相关性方法有效地识别和去除污染物.
• 在去除污染物后,Lachnospira eligens中的鞭毛运动基因与肝硬化有显著的关联.

结论:

• 基因组组装基因组污染对基因水平微生物组分析构成重大威胁.
• 泛扫描管道和基因与物种相关性为检测和减轻污染提供了强大的解决方案.
• 这项研究揭示了肠道微生物鞭毛运动性和肝硬化之间的一种新的关联.