通过使用TurboID进行近距离标记,绘制OSCC预后相关蛋白NDRG1和PGK1的互动组图
Guilherme A Câmara1, Sami Yokoo1, Daniela C Granato1
1Brazilian Biosciences National Laboratory - LNBio, Brazilian Center for Research in Energy and Materials - CNPEM, Campinas, São Paulo 13083-100, Brazil.
Journal of proteome research
|April 30, 2025
概括
研究人员确定了28种与口腔状细胞癌 (OSCC) 进展相关的蛋白质的预后互动组. 这一发现有助于优先考虑这种常见的头癌的潜在诊断和预后标志物.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 口腔状细胞癌 (OSCC) 是一种主要的头癌,需要改进诊断和预后标志物以获得更好的患者结果.
- 之前的研究确定了N-myc下游调节基因1 (NDRG1) 和糖酸激酶1 (PGK1) 作为OSCC的预后标记物,但它们在疾病发展中的功能作用需要进一步阐明.
研究的目的:
- 通过识别它们的相互作用蛋白伙伴来研究NDRG1和PGK1在OSCC发育中的作用.
- 在OSCC中对预后相关蛋白相互作用体进行表征,以发现潜在的生物标志物.
主要方法:
- 在HEK293细胞中利用基于TurboID的近距离标记来映射NDRG1和PGK1.1的互动组.
- 分析了三个时间点的蛋白质丰度模式,以根据它们对生物标签的反应对蛋白质进行聚类.
- 综合蛋白质组数据与OSCC瘤岛屿的先前发现,以及具有预后特征的相关基因表达.
主要成果:
- 根据它们与NDRG1和PGK1的近距离识别和聚类了364种蛋白质,并根据反应动力学对它们进行了分类.
- 发现了互动组研究和OSCC瘤岛屿中共有65种蛋白质.
- 描述了28种蛋白质的预后关联互动组,其中17个由PRM-MS量化,显示了与OSCC患者结果 (死亡,转移,复发) 的关联.
结论:
- 成功识别了OSCC的预后相关互动体,提供了优先考虑的候选蛋白质列表,以便进一步研究.
- 描述的互动组为开发口腔状细胞癌的诊断和预后工具提供了潜在的新途径.
- 这项研究为推进OSCC研究提供了有价值的蛋白质组数据 (PXD048046).
