基于基因组学的方法用于检测和表征SARS-CoV-2联合感染和多样化的病毒群体
Bryan Jimenez-Araya1, Aurélie Gourgeon2, Mélissa N'Debi1,3
1Team "Viruses, Hepatology, Cancer", INSERM U955 (IMRB), University of Paris-Est, Créteil, France.
Microbiology spectrum
|May 1, 2025
概括
基于基因组学的监测检测出了比以前想象的更多的SARS-CoV-2 (严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型) 联合感染,特别是在变种联合循环期间. 这突显了病毒重组的风险和需要先进的检测方法.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 持续的SARS-CoV-2遗传多样化导致了血统的共同循环.
- 宿主内部的同时感染可以推动病毒重组和新血统的出现.
- 检测SARS-CoV-2联合感染是具有挑战性的,并且经常被低估.
研究的目的:
- 实施一种基于基因组学的创新方法来监测SARS-CoV-2的多样性.
- 为了识别高度多样化的病毒样本和共感染病例,表明重组潜力.
- 为了更好地了解病毒进化和新血统在流行病期间的出现.
主要方法:
- 分析了2021年1月至2022年4月期间收集的41,224个鼻拭子.
- 使用下一代测序 (COVIDseq) 进行全长基因组测序.
- 识别宿主内部单核酸变体 (iSNVs) 以检测并发感染.
主要成果:
- 根据iSNV值,861个样本被确定为潜在的共感染.
- 同时感染的患病率在变种共同流通期间达到顶峰.
- 确认了与不同令人担忧的变种 (VoC) 的同时感染,包括Delta-Omicron和Omicron BA.1-BA.2.
结论:
- 基于基因组学的方法揭示了SARS-CoV-2联合感染的患病率高于传统方法.
- 同时感染增加了病毒再组合的风险,特别是在多谱系循环期间.
- 基因组监测对于检测共感染和了解病毒演变至关重要.
