FunVIP:基于遗传学分析的真菌验证和识别管道
Chang Wan Seo1,2, Shinnam Yoo1,2, Yoonhee Cho1,2
1School of Biological Sciences, Seoul National University, Seoul 08826, Republic of Korea.
Journal of microbiology (Seoul, Korea)
|May 2, 2025
概括
准确的真菌鉴定至关重要,但受到公共数据库中错误标记的DNA序列的阻碍. 我们开发了FunVIP,一个自动化管道,提供可靠的真菌识别和验证,确保研究和工业的数据完整性.
科学领域:
- 菌类学 菌类学是指菌类学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- DNA 序列数据对于真菌识别至关重要,但公共数据库包含了大量错误标记的序列.
- 错误标记的数据导致频繁的错误识别,影响工业,临床和食用真菌研究.
- 目前的识别管道需要对数据库衍生数据集进行单独的验证步骤.
研究的目的:
- 开发FunVIP,一个完全自动化的,基于菌谱的管道,用于真菌验证和识别.
- 为应对公开核酸数据库中错误标记序列的挑战.
- 为准确和验证的真菌识别提供一个用户友好的工具.
主要方法:
- FunVIP采用九步自动化工作流:输入管理,序列组织,对齐,修剪,连接,模型选择,树推理,树解释和报告生成.
- 该管道将基于族系的识别与自动验证集成在一起.
- 通过重新审查真菌属Fuscoporia并与使用真菌数据集的BLAST和q2特征分类器进行比较来验证性能.
主要成果:
- FunVIP成功识别和验证了真菌序列,证明了高精度.
- 该管道产生了识别结果,遗传树证据和冲突报告.
- 对比分析显示,FunVIP的性能优于现有方法,特别是在错误标记的数据中.
结论:
- FunVIP是一个非常有前途的工具,可以实现简单而准确的真菌识别.
- 它的自动验证能力显著提高了真菌识别管道的可靠性.
- FunVIP通过检测和报告序列数据集中的问题来提高数据完整性.
