来自大型和新型合成化合物和自然产品的碎片库:比较化学信息分析
Verónica Ramírez-Cid1, Ana L Chávez-Hernández1, Osvaldo Sánchez López1
1DIFACQUIM Research Group, Department of Pharmacy, School of Chemistry, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City 04510, Mexico.
ACS omega
|May 5, 2025
概括
我们从COCONUT和LANaPDB数据集中生成了大型的自然产品碎片库,为药物发现提供了广泛的化学多样性. 与合成替代品相比,这些图书馆提供了广泛的化学空间覆盖.
科学领域:
- 药用化学 医学化学
- 计算化学的计算化学
- 自然产品 化学 化学
背景情况:
- 基于碎片的药物发现 (FBDD) 依赖于多样化,高质量的碎片库.
- 自然产品为FBDD提供了丰富的新型化学支架来源.
- 现有的合成碎片库可能无法完全捕捉自然界中发现的化学多样性.
研究的目的:
- 从大型自然产品数据库中策划全面的碎片库.
- 将天然产品碎片的化学空间覆盖和多样性与合成图书馆进行比较.
- 让这些精心策划的自然产品碎片图书馆公开供研究使用.
主要方法:
- 从开放自然产品收集 (COCONUT) 数据集中提取和处理了2,583,127个碎片.
- 从拉丁美洲自然产品数据库 (LANaPDB) 提取和处理74,193个碎片.
- 对化学空间覆盖面和多样性的比较分析与合成CRAFT库.
主要成果:
- 创建了大量的自然产品碎片库,包含数百万种独特的化学实体.
- 在自然产品碎片库中展示了广泛的化学空间覆盖和高度的多样性.
- 与合成CRAFT图书馆相比,化学空间覆盖率存在显著差异.
结论:
- 自然产品数据库为生成碎片库提供了广泛而多样化的资源.
- 这些精心策划的自然产品碎片库显著扩大了用于药物发现的化学空间.
- 免费使用的图书馆促进了基于碎片的药物发现的更广泛的研究.
