使用比较基因组学和转录基因学识别Exserohilum turcicum中的候选宿主特异性基因
Mara J Krone1, Pragya Adhikari1, Pummi Singh1
1Department of Crop Sciences, University of Illinois Urbana-Champaign, Urbana, IL 61801, USA.
G3 (Bethesda, Md.)
|May 5, 2025
概括
这项研究对两种Exserohilum turcicum菌株进行了测序和注释,一种特异于和一种特异于玉米. 基因组比较揭示了遗传差异,确定了这种真菌病原体中的候选宿主特异性基因.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 植物病理学 植物病理学
- 菌类遗传学 菌类遗传学
背景情况:
- 在玉米和中,Exserohilum turcicum会引起明显的叶.
- 虽然是同一物种,但菌株表现出宿主特异性,影响作物产量.
研究的目的:
- 为了测序和 de novo 注释麦和玉米特异性的 E. turcicum 菌株.
- 识别对宿主特异性负责的遗传变异和候选基因.
主要方法:
- 为基因组组装进行PacBio Sequel II测序.
- 使用Funannotate,EffectorP和SignalP进行功能注释.
- 对比基因组学和转录组分析.
主要成果:
- 44-45 Mb 的基因组组合具有高的 BUSCO 完整性.
- 识别了十个大规模的逆转和三种变位.
- 通过综合基因组和转录组数据识别的候选宿主特异性基因.
结论:
- 基因组测序为了解E. turcicum宿主特异性提供了基础.
- 对比分析揭示了结构变异和基因重复导致菌株分歧.
- 已识别的候选基因为真菌与宿主相互作用的分子机制提供了洞察力.
关键词:
在RNA-seqqq.这就是dothideomycete的意思.效应器 效应器 是一个效应器.基因组组装组合的基因组.同类物质的同类物质主体特异性 主体特异性二次代谢产物二次代谢产物整个基因组序列的测序.更多相关视频
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