基于质谱的蛋白质组学的简化方法,使用选择的组织区域
Dongyoon Shin1, Dayeon Lee2, Young June Jeon2
1Department of Medical Science, School of Medicine, CHA University; Department of Proteomic Research, CHA Future Medicine Research Institute.
Journal of visualized experiments : JoVE
|May 5, 2025
概括
本研究介绍了一种综合的工作流程,用于使用基于质谱 (MS) 的蛋白质组学分析固定在甲,嵌入 (FFPE) 组织. 该方法可以从存档的FFPE样本中在胰腺囊性瘤中进行分子发现.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分子生物学分子生物学
- 病理学 病理学 病理学
背景情况:
- 基于质谱 (MS) 的蛋白质组学提供了对生物样本的全面分析.
- 在蛋白质组学研究中,固定在甲中,嵌入在中 (FFPE) 的组织是有价值的档案资源.
- 从FFPE组织中分离感兴趣的区域 (ROI) 是至关重要的,但缺乏简化蛋白质组工作流程.
研究的目的:
- 呈现FFPE组织蛋白质组分析的综合工作流.
- 为了使ROI的宏观剖析,样本准备和高通量MS分析.
- 证明工作流程的适用性,用于识别胰腺囊性瘤中的分子差异.
主要方法:
- 从FFPE组织切片中对ROI进行大切割.
- 基于悬浮捕获的蛋白质分子样本制备.
- 高通量质谱 (MS) 分析.
主要成果:
- 从宏观切割的FFPE组织ROI中实现了高蛋白质覆盖率.
- 确定了良性血清性囊性瘤 (SCN) 和导管内皮质粘膜性瘤 (IPMN) 之间的分子差异.
- 该工作流成功分析了患者的FFPE组织.
结论:
- 集成的工作流简化了FFPE组织的蛋白质组分析.
- 这种方法有助于在存档的FFPE样本中进行分子发现.
- 该方法可用于在各种基于FFPE的研究中推进蛋白质组研究.


