在Taraxacum kok-saghyz不同发育阶段的组织中进行定量实时PCR分析的参考基因的选择和验证
Yongmei Li1, Yuan Yao2, Tiancheng Xu2
1School of Breeding and Multiplication (Sanya Institute of Breeding and Multiplication), School of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, Sanya, 572025, China; Department of Biological Science and Technology, Jinzhong University, Jinzhong, 030619, China.
这项研究确定了可靠的基因参考基因,用于准确的基因表达分析Taraxacum kok-saghyz (TKS). 推TkADF1和TkRPT6A用于一般用途,具有针对根和乳组织的特定基因,改善了天然研究.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 生物技术是生物技术.
- 农业科学 农业科学
背景情况:
- 定量实时聚合酶链反应 (qRT-PCR) 对于基因表达分析至关重要.
- 在qRT-PCR中准确的正常化依赖于稳定的参考基因,特别是在像Taraxacum kok-saghyz (TKS) 这样的作物中.
- 之前的研究缺乏系统的识别可靠的参考基因跨不同的TKS组织和发育阶段.
研究的目的:
- 系统地识别和验证在TKS中qRT-PCR正常化的稳定参考基因.
- 评估在多种组织类型和发育阶段的基因表达稳定性.
- 为未来的TKS基因表达研究提供可靠的内部控制,特别是天然生物合成.
主要方法:
- 使用26个TKS样本的RNA-seq数据选了12个候选参考基因 (CRG).
- 通过qRT-PCR在各种组织和发育阶段对19个基因的量化表达 (12个CRG+7个先前报告的基因).
- 通过使用geNorm,NormFinder,比较delta Ct和BestKeeper算法评估基因表达稳定性,并由RefFinder集成.
主要成果:
- TkADF1和TkRPT6A被确定为所有组织组和叶子样本中最稳定的参考基因.
- 对于根样,TkUPL和TkSIZ1是最佳的.
- 对于乳样品,TkADF1和TkSRPRA是首选的选择.
- 使用生物合成基因的验证证实了推的参考基因的可靠性.
结论:
- 建立了对TKS在不同组织和发育阶段的基因稳定性的综合排名.
- 推的特定参考基因 (TkADF1,TkRPT6A,TkUPL,TkSIZ1,TkSRPRA) 用于在TKS中准确的qRT-PCR规范化.
- 这些发现将促进TKS中精确的基因表达分析,帮助开发和天然生产的研究.
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