结合ATAC-seq和RNA-seq,揭示了一个月大的XX-DSD猪中生殖腺异常的关键基因
Congying Yu1, Bingzhou Zhong1, Yuqiao Zhang2
1Guangdong Provincial Key Laboratory of Animal Molecular Design and Precise Breeding, Animal Science and Technology College, Foshan University, Foshan, Guangdong, 528225, China.
BMC genomics
|May 6, 2025
概括
这项研究表明,特定的开放色素结构调节SOX9基因表达,影响XXX性发育障碍 (DSD) 猪的淋巴体发育. 这些发现突出了受影响猪的淋巴腺失调的分子基础.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 发育生物学 发展生物学
- 动物科学 动物科学
背景情况:
- 猪性发育障碍 (DSD) 源于先天性异常,影响了染色体,淋巴体和性解剖学的发育.
- XX-DSD猪经历不育,感染和肉质降低,导致养猪业的重大经济损失.
- 对猪中XX-DSD病因和病原学的有限理解需要进一步的分子研究.
研究的目的:
- 在XX-DSD猪中研究异常性腺发育的分子机制.
- 通过使用多组学方法,识别涉及淋巴腺失调的关键基因和调控元素.
主要方法:
- 对XX-DSD猪的生殖腺进行了RNA测序 (RNA-seq) 和ATAC测序 (ATAC-seq),正常的雌性和正常的雄性.
- 进行了差异基因表达和染色质可访问性分析.
- 采用了多omics数据的整合,蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络分析和双露西法酶记者测试.
主要成果:
- 在XX-DSD猪中,RNA-seq确定了潜在的淋巴腺发育基因,包括SOX9,HSD3B1和CYP19A1.
- ATAC-seq显示了14820个差异可访问的色素峰值.
- 整合了通过PPI分析确定SOX9,HSD3B1和CYP17A1等候选基因的数据,通过PPI分析确定SOX9为顶级枢纽基因. 验证了SOX9促进体中的特定开放色素区域,以调节其表达.
结论:
- SOX9基因促进体中的特定开放色素结构在XX-DSD猪中关键调节淋巴体发育.
- 包括SOX9,HSD3B1和CYP19A1在内的基因在生殖腺发育中协作起作用.
- 这些发现为XX-DSD淋巴腺失调症中的染色质调节网络提供了分子证据,为未来的机理学研究铺平了道路.
