同时检测病原体和抗菌素耐药性基因,使用开源,基于云的CZ ID平台

科学领域:

• 生物信息学是一种生物信息学.
• 基因组学就是基因组学.
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 抗微生物耐药 (AMR) 病原体对全球健康构成重大威胁.
• 下一代元基因组测序 (mNGS) 对于抗菌耐药性监测至关重要.
• 现有的生物信息学工具难以同时分析微生物和AMR基因序列.

研究的目的:

• 开发一个开放的,基于云的生物信息工作流程,用于集成的微生物和AMR基因检测.
• 增强Chan Zuckerberg ID (CZ ID) 平台用于病原体监测的功能.

主要方法:

• 开发CZ ID AMR模块,整合综合抗生素耐药性数据库和耐药性基因标识符.
• 该模块的应用用于分析mNGS和单隔离全基因组测序 (WGS) 数据.
• 与CZ ID短读mNGS模块的协同使用,用于对Illumina数据的全面分析.

主要成果:

• 在临床队列和环境监测中展示了多样化的应用.
• 启用了对败血症,肺炎,医院疫情和废水的基因组调查.
• 促进了对传染病原体,它们的抗体和遗传学关系的理解.
• 在医院获得的感染中捕获了病原体和AMR基因的纵向动态.

结论:

• 该CZ ID AMR模块可以通过mNGS和WGS数据进行病原体检测和AMR分析.
• 这种开放访问工具使病原体基因组分析实现了民主化.
• 支持合作努力,打击抗微生物药物耐药性日益增长的威胁.