无细胞DNA 血液采集管 交联细胞DNA 阻断纳米孔 长读测序

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学
• 癌症研究 癌症研究

背景情况:

• 长读序列 (DNA和RNA) 对于基因组组装,变异调用和基因同型识别至关重要.
• 长期阅读的纳米孔DNA测序在癌症研究中越来越多地用于结构变异调用.
• 从瘤中提取高分子量 (HMW) DNA和匹配的正常样本 (血液/毛) 是区分体质和生殖系突变的标准.

研究的目的:

• 在长时间读取的纳米孔测序中,研究与瘤DNA相比,buffycoat DNA的低性能.
• 为了确定在Streck管中释放的甲是否会导致DNA交联,影响测序数据.
• 为了优化用于纳米孔测序的布菲外套样本的DNA提取协议.

主要方法:

• 在瘤组织和布菲外套样本之间比较DNA提取产量和测序性能.
• 从Streck管中收集的皮细胞中提取的DNA的分析与乙烯基胺酸 (EDTA) 管相比.
• 在从Streck管buffy外套样本中提取DNA时实施和评估一个decrosslinking步骤.

主要成果:

• 在长期读取的纳米孔测序中,巴菲外套DNA与瘤DNA相比始终表现不佳.
• 这种表现不佳是特定于在Streck管中收集的BuffyCoatDNA,而不是EDTA管.
• 在DNA提取过程中,一个解链的步骤显著改善了数据产量和碎片长度,而不会影响数据质量.

结论:

• 在Streck管中释放的甲可能会导致DNA交叉链接,阻碍纳米孔测序性能.
• 建议针对Streck衍生的毛样本量身定制的DNA提取协议,包括一个解穿链的步骤.
• 优化的协议增强了在癌症研究中长时间读取的纳米孔测序中buffy外套样本的实用性.