从原始废水样本中直接提取SARS-CoV-2RNA的优化协议 (ANRS 0160)
Ahlam Chaqroun1,2, Ghina El Soufi3,4,2, Zuzana Gerber5
1Université de Lorraine, CNRS, LCPME, F-54000 Nancy, France.
MethodsX
|May 7, 2025
概括
设计用于原始废水的NS2核酸提取协议显著改善了SARS-CoV-2RNA检测,并消除了RT-qPCR抑制剂,超过了多实验室研究中测试的其他方法.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 分子诊断学 分子诊断学
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 在废水中准确检测SARS-CoV-2对于公共卫生监测至关重要.
- 从复杂的废水矩阵中优化核酸提取对于可靠的病毒RNA量化至关重要.
- 现有的RNA提取协议可能不适合原始废水样本.
研究的目的:
- 为了比较废水特异性RNA提取协议与非特异性协议的性能.
- 评估SARS-CoV-2RNA检测和去除RT-qPCR抑制剂的效率.
- 确定用于原始废水分析的最有效的RNA提取方法.
主要方法:
- 三个实验室独立测试了四个RNA提取协议 (一个废水设计,三个非废水设计) 在配对的原始废水样本上.
- 协议包括基于柱 (Z) 和基于珠的方法 (NS1,NS2,SB),其中NS2具有 - 形式的步骤.
- 每个实验室内的对比比较评估了SARS-CoV-2 RNA检测和RT-qPCR抑制剂去除.
主要成果:
- 与废水设计协议 (Z) 相比,NS2协议显示了显著更高的SARS-CoV-2RNA检测.
- 与其他一些测试方法不同,NS2实现了RT-qPCR抑制剂的完全去除.
- 虽然NS1也显示出更高的RNA检测,但它在一个样本中表现出RT-qPCR抑制;SB的表现比Z.更差.
结论:
- 该NS2协议是最有效的选择,既增强了SARS-CoV-2RNA检测和强大的RT-qPCR抑制剂从原始废水中去除.
- 像NS2这样的废水专用或修改协议在一般用途的提取方法上提供了可衡量的优势.
- 优化核酸提取对于环境样本中精确的病毒监测至关重要.
