Scifer:一种R/生物导体包,用于大规模整合索引排序单细胞的桑格测序和流细胞计数据
Rodrigo Arcoverde Cerveira1, Klara Lenart1, Marcel Martin2
1Division of Immunology and Respiratory Medicine, Department of Medicine Solna, Karolinska Institutet and Karolinska University Hospital, Center for Molecular Medicine (CMM), Karolinska Institutet, Visionsgatan 18, Stockholm 171 64, Sweden.
Immunoinformatics (Amsterdam, Netherlands)
|May 7, 2025
概括
Scifer是一个新的R包,可以自动化对桑格测序数据的质量控制,并将其与流细胞测量信息集成在一起,用于免疫受体谱分析. 该工具提高了序列质量,并为研究人员加快了数据处理速度.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 桑格测序通常与流细胞计用于细胞种群索引.
- 目前的软件正在与大规模的自动化质量控制和Sanger测序和流细胞计数据集成作斗争.
研究的目的:
- 引入scifer,用于自动化质量控制和Sanger测序和流细胞计数据集成的R包.
- 改进免疫受体谱系序列的分析.
主要方法:
- 史菲尔预处理来自索引类型和免疫受体测序的原始桑格测序数据.
- 它使用长度,Phred分数和HCDR3质量等参数来识别高质量的序列.
- 该包整合了流细胞计信息,用于大规模数据分析.
主要成果:
- 史菲尔显著提高了生殖线分配的质量.
- 它减少了免疫受体序列中的虚假可变基因突变.
- 该软件包在一小时内自动处理数千个序列,提供QC报告,FASTA文件和电电图.
结论:
- Scifer是一个用户友好的软件,简化了免疫受体谱系序列分析.
- 它为研究人员使用桑格测序和流细胞计数据提供了广泛的适用性.
- 该套件提高了数据质量和分析效率.
关键词:
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