及时追踪抗菌素耐药生物:对基于核心基因组SNP的连续医院传染分析工作流程验证研究
Kotaro Aoki1, Kohji Komori2, Tetsuo Yamaguchi1
1Department of Microbiology and Infectious Diseases, Toho University School of Medicine, Tokyo, Japan.
这项研究介绍了TAROT-ONT,这是一种用于对抗微生物耐药生物体进行快速遗传学分析的新工作流. 它可以及时检测医院的MRSA传播,改善感染控制干预措施.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 有效的医院感染预防和控制 (IPC) 取决于关于抗菌素耐药 (AMR) 生物体传播的及时数据.
- 甲素耐药黄金葡萄球菌 (MRSA) 构成了严重的医院威胁,需要快速检测方法.
研究的目的:
- 开发和评估一个基于核心基因组SNP (cgSNP) 的基因组分析工作流程,名为TAROT,利用牛津纳米孔技术 (ONT) 测序.
- 为了比较TAROT工作流程的性能与MRSA传播分析的传统Illumina测序.
主要方法:
- 开发了"及时跟踪抗菌素耐药生物" (TAROT) 工作流程,用于使用ONT数据进行连续的基因分析.
- 使用ONT (MinION) 和Illumina (MiSeq) 平台对34种MRSA菌株进行了测序.
- 在ONT数据 (TAROT-ONT) 上进行了基于cgSNP的顺序类遗传分析,并在Illumina数据上进行了分批分析.
主要成果:
- 塔罗特-ONT迅速生成了家族遗传树,每个菌株的生物信息分析需要5-42分钟.
- 使用TAROT-ONT识别了高度怀疑的MRSA传播对,结果显示与Illumina测序高度一致.
- 基于组装的分析成功地确定了AMR基因,AMR突变和病毒性基因,其测序平台之间高度一致.
结论:
- 在TAROT-ONT工作流程促进有效的IPC干预MRSA医院传染.
- 通过基于cgSNPs的连续基因分析及时反有助于控制医院获得的感染.
- 这种方法提供了一种快速可靠的方法来追踪AMR生物体在医疗机构的传播.
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