利用检测不确定性来估计多种组织和测试中的Renibacterium salmoninarum感染状态

科学领域:

• 兽医流行病学 兽医流行病学
• 传染病建模传染病建模
• 水生动物的健康状况.

背景情况:

• 有效的疾病监测取决于准确的病原体检测和流行率估计.
• 诊断灵敏度 (DSe) 和特异性 (DSp) 是关键指标,但在没有完美的"黄金标准"测试的情况下,估计DSe是具有挑战性的.
• 由Renibacterium salmoninarum引起的细菌性病 (BKD) 影响鱼,目前的诊断方法 (DFAT和qPCR) 显示检测率不同.

研究的目的:

• 开发和应用贝叶斯的多态占用模型来估计病原体感染的流行率和检测测定检测概率.
• 计算用于检测鱼组织中R. salmoninarum的DFAT和qPCR测定的诊断灵敏度 (DSe).
• 评估多项调查和组织组合对改善DSe的影响.

主要方法:

• 利用贝叶斯的多态占用模型来分析DFAT和qPCR测定中的病原体检测数据.
• 模拟的感染概率和R. salmoninarum在单个和双/肝组织中的检测概率.
• 估计的诊断灵敏度 (DSe) 使用感染的后部分布和检测概率.

主要成果:

• 无论是DFAT和qPCR测定都产生了假阴性,表明检测不完善.
• 与DFAT相比,qPCR显示出更少的假阴性和更高的诊断灵敏度 (DSe).
• 发生了感染状态的错误分类,但重复测试或结合组织对两种测试都增强了DSe.

结论:

• 贝叶斯占用模型为在存在不完美的诊断测试的情况下估计DSe提供了一个强大的框架.
• qPCR是一种比DFAT更敏感的检测方法,用于检测鱼中的R. salmoninarum.
• 优化采样策略,如多次测试或结合组织,可以提高细菌病疾病疾病监测的准确性.