在废水中基于测序检测麻疹:德克萨斯州,2025年1月
Sara Javornik Cregeen1, Michael J Tisza1, Blake Hanson1
1Sara Javornik Cregeen, Michael J. Tisza, Marissa Cook, Anil Surathu, Matthew C. Ross, Joseph F. Petrosino, and Anthony Maresso are with The Alkek Center for Metagenomics and Microbiome Research and the Department of Molecular Virology and Microbiology at Baylor College of Medicine, Houston, TX. Blake Hanson, Jennifer Deegan, and Eric Boerwinkle are with the School of Public Health at University of Texas Health Science Center at Houston. Rebecca Schneider, Kirstin Short, Kaavya Domakonda, and Loren Hopkins are with the Houston Health Department. Jingjing Wu and Lauren B. Stadler are with the Department of Civil and Environmental Engineering at Rice University, Houston.
废水测序检测到德克萨斯州休斯顿的麻疹病毒,这是近三年来首次检测到的麻疹病毒. 这种早期预警系统确定了与未接种疫苗的旅行者有关的病例,突出了其在公共卫生监测中的价值.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 麻疹是一种高度传染的病毒性疾病,通过呼吸道液滴传播.
- 疫情与疫苗接种率下降和群体免疫力丧失有关.
- 废水监测提供了一种非侵入性的方法来监测社区中的传染病.
研究的目的:
- 评估基于测序的废水分析对早期检测麻疹的有用性.
- 为了确定检测到的麻疹病毒的基因型和来源.
- 评估废水监测作为公共卫生工具的有效性.
主要方法:
- 未来的废水采样和测序来自德克萨斯州休斯顿的两个污水处理厂.
- 核酸提取物对麻疹病毒遗传物质的分析.
- 使用滴滴数字聚合酶链反应 (ddPCR) 确认阳性检测.
主要成果:
- 麻疹病毒 (基因型B3) 在近三年的监测中首次在废水样本中检测到.
- 测序确定了53个独特的读取,映射到11个基因组区域,其中99.4%与基因型B3.3相匹配.
- 两名未接种疫苗的麻疹旅行者在同一个下水道被发现,与废水检测相关.
结论:
- 基于测序的废水分析是一种有价值的早期预警系统,用于发现麻疹等传染病.
- 这种方法促进了有针对性的流行病学调查和快速的公共卫生反应.
- 废水监测可以补充监测疾病爆发的传统方法.
