使用COVID-19患者的多重PCR测序检测SARS-CoV-2基因组中的删除检测:消除虚假阳性结果
Nan Jiang1, Colin N Dewey2, John Yin1,3
1Wisconsin Institute for Discovery, University of Wisconsin-Madison, Madison, WI, USA.
概括
在目前的测序方法中,SARS-CoV-2基因组中的错误阳性删除是常见的. 一个新的生物信息技术策略准确地识别了真正的删除,改善了对患者病毒的基因组监测.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 病毒学 病毒学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 在SARS-CoV-2基因组中删除是常见的,但它们的作用尚不清楚.
- 多重PCR安普利康测序广泛用于临床样本.
- 现有的生物信息学工具从这种测序方法中产生了许多错误的删除.
研究的目的:
- 开发和验证生物信息学策略,以准确识别SARS-CoV-2的删除.
- 重新评估公共SARS-CoV-2基因组数据中删除的频率.
- 在监测研究中提高病毒基因组分析的可靠性.
主要方法:
- 开发了一个过策略,以从测序数据中删除假阳性删除.
- 使用已知缺失的阳性对照样本验证了该策略.
- 应用了优化的方法来分析公共SARS-CoV-2抽样序列数据.
主要成果:
- 开发的策略准确地检测到已知的删除,并删除了99%以上的错误阳性.
- 对公共数据的重新分析表明,与监管序列无关的删除比以前认为的少20倍.
- 在有症状的患者中,删除仍然更频繁.
结论:
- 优化的生物信息学方法提高了SARS-CoV-2删除特征的准确性.
- 这种方法提高了对SARS-CoV-2的基因组监测的可靠性.
- 该方法可以为其他病毒基因组分析的生物信息学管道的开发提供信息.
