利用全转录组相关性研究确定了严重呼吸道疾病中上呼吸道菌群和细胞类型特定基因表达之间的关系
Lei Xu1, Ran He1, Xiangyu Ye1
1Depatment of Epidemiology, Center for Global Health, School of Public Health, National Vaccine Innovation Platiorm, Nanjing Medical University, Nanjing, China.
PloS one
|May 9, 2025
概括
在上呼吸道上部的呼吸道.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 遗传学 遗传学 是一个
背景情况:
- 上呼吸道微生物群影响宿主免疫力和对病毒感染的易感性.
- 严重的类似流感的疾病 (ILI) 涉及微生物群落和宿主免疫反应之间的复杂相互作用.
- 了解这些相互作用对于开发针对严重呼吸道感染的有针对性的干预措施至关重要.
研究的目的:
- 为了研究上呼吸道菌群和严重ILI的免疫细胞之间的关联.
- 为了确定与ILI严重程度相关的微生物种群和免疫路径.
- 为了阐明微生物组如何调节免疫细胞功能在ILI进展.
主要方法:
- 全基因组关联研究 (GWAS) 和链接不平衡得分回归 (LDSC) 的遗传性.
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 与遗传关联数据 (scDRS) 集成.
- 细胞类型特定表达量的特征位置 (eQTL) 建模 (FUSION) 和全转录组关联研究 (TWAS).
主要成果:
- 分析了1195个与上呼吸道菌群有关的严重ILI相关的GWAS数据集.
- TWAS确定了19个显著关联对和1226个在轻度和严重ILI之间差异表达的基因.
- 免疫细胞,如CD4+ T效应记忆细胞,cDCs和NK细胞,在关键的生物学途径中得到丰富.
结论:
- 在严重的ILI相关植物和细胞类型特异性基因表达之间发现了关联.
- 不同的微生物组组成可能解释了ILI进展的变化.
- CD16+单细胞,增殖细胞和cDCs显示出显著的基因表达变化,突出显示了它们在ILI病原发生中的作用.
