ND-AMD:一个基于网络的神经疾病动物模型数据库,带有分析工具
Yue Wu1, Lu Li2, Yi-Tong Li1
1Institute of Laboratory Animal Sciences, CAMS & PUMC, National Human Diseases Animal Model Resource Center, National Center of Technology Innovation for Animal Model, NHC Key Laboratory of Comparative Medicine, State Key Laboratory of Respiratory Health and Multimorbidity, Key Laboratory of Pathogen Infection Prevention and Control (Peking Union Medical College), Ministry of Education, Beijing, China.
神经疾病动物模型数据库 (ND-AMD) 集中了483个神经疾病动物模型的数据. 该资源通过整合多个规模的数据和提供分析工具来促进比较分析,并确定治疗目标.
科学领域:
- 神经科学是一个神经科学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 动物模型对于理解神经疾病机制,诊断和治疗至关重要.
- 现有的研究数据是分散的,阻碍了全面的分析.
- 神经疾病动物模型数据库 (ND-AMD) 是为了弥补这一缺口而开发的.
研究的目的:
- 为神经疾病动物模型创建一个集中,集成的数据库.
- 为了促进大规模,多维和多尺度的数据分析.
- 支持跨多种实验条件,物种和疾病模型的比较和机制研究.
主要方法:
- 从PubMed,Web of Science和其他数据库系统地检索数据.
- 将数据集成到结构化的SQL框架中,并进行自动验证和手动验证.
- 统计分析 (异质性,敏感性) 和自然语言处理用于网络分析.
主要成果:
- ND-AMD整合了来自8个疾病类别和13个物种的483个动物模型的数据.
- 综合性存储库包括实验,表型和药物评估数据.
- 具有三个在线工具:模型频率分析,比较表型分析和文献分析.
结论:
- ND-AMD使动物模型,菌株和条件的集中比较分析成为可能.
- 有助于理解从分子到行为层面的生物系统相互作用.
- 为研究人员提供有效的访问以识别模式,趋势和治疗目标.
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