用OMERO进行FAIR图像数据管理的高内容选 (HCS) 工作流程.
Riccardo Massei1,2,3, Wibke Busch4, Beatriz Serrano-Solano5
1Research Data Management - RDM, Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Permoserstraße 15, 04318, Leipzig, Germany. riccardo.massei@ufz.de.
Scientific reports
|May 9, 2025
概括
高含量查 (HCS) 生物成像产生了大量数据. 使用OMERO的工作流管理系统 (WMS) 简化了HCS数据管理,确保可复制和高效的图像分析.
科学领域:
- 生物成像是一种生物成像.
- 数据管理数据管理
- 科学工作流程自动化 自动化
背景情况:
- 高含量查 (HCS) 生物成像产生了大量数据集,这给数据管理带来了重大挑战.
- 有效管理HCS数据,包括图像,试剂和分析输出,对于可重现的研究至关重要.
- 当前的数据管理实践可能是低效的,容易出现错误,阻碍了数据共享和协作.
研究的目的:
- 用工作流管理系统 (WMS) 和OMERO来展示可重复使用的半自动化工作流程,用于HCS生物成像数据管理.
- 展示从基于本地文件的存储到自动化和敏捷的数据管理框架的过渡.
- 提高HCS图像数据管理的效率,有效性和可重复性.
主要方法:
- 使用工作流管理系统 (WMS) 开发了三种不同的半自动工作流.
- 将WMS与OMERO图像数据管理平台集成.
- 工作流程的应用用于结构化和可重复的图像数据传输和管理.
主要成果:
- 从本地文件存储成功过渡到自动化数据管理框架.
- 证明了减少人为错误和提高HCS数据处理的效率.
- 通过跨位置的结构化图像传输提高了数据的一致性和可重复性.
结论:
- 工作流管理系统为管理大规模HCS生物成像数据提供了强大的解决方案.
- 使用WMS和OMERO的半自动工作流程提高了数据管理的效率和可重复性.
- 未来的工作应该探索用于自动化图像分析的高级工作流和机器学习集成.
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