来自社区分布的快速抗原测试的SARS-CoV-2基因组监测,美国威斯康星州,美国
Emerging infectious diseases
|May 13, 2025
概括
社区快速抗原测试 (RAT) 可以在COVID-19公共卫生紧急情况结束后维持SARS-CoV-2基因组监测. 与社区网站合作对RAT进行测序,提供了一个实用和有效的公共卫生策略.
科学领域:
- 公共卫生 公共卫生
- 病毒学 病毒学
- 基因组监测 基因组监测
背景情况:
- 美国的SARS-CoV-2基因组监测主要使用基于核酸放大测试的诊断标本.
- 在COVID-19后的公共卫生紧急情况中,这些测试的使用减少,需要采用替代的监测方法.
研究的目的:
- 建立一个可持续的SARS-CoV-2基因组监测计划,使用自由可用的社区快速抗原测试 (RAT).
- 评估与社区组织合作从RAT测序SARS-CoV-2的可行性.
主要方法:
- 与威斯康星州丹县的公共卫生机构和南中央图书馆系统的合作.
- 在2023年8月至2024年2月期间,从227个社区来源的RAT样本中收集和测序SARS-CoV-2.
- 对序列成功率的分析,特别是与周期值相关的分析.
主要成果:
- 从RAT样本成功生成了127个SARS-CoV-2基因组序列,覆盖率高 (>90%基因组,>10×深度).
- 确定了低周期值和成功测序之间的相关性.
- 证明了基于社区的RAT收集用于基因组监测的实用性.
结论:
- 从RAT中收集和测序SARS-CoV-2是持续基因组监测的可行策略.
- 与社区网站的合作伙伴关系提高了公共卫生监测工作的可持续性.
- 这种方法提供了一种灵活的替代传统方法,以应对不断变化的公共卫生环境.


