通过纳米孔测序识别人类皮肤纤维细胞衍生的细胞外囊中的eccDNA的鉴定
Bianca Simonassi-Paiva1, Julia Alves Luz2, Julia Hellena Ribeiro3
1Faculty of Science & Health, Technological University of the Shannon, Athlone Campus, N37HD68 Athlone, Ireland.
International journal of molecular sciences
|May 14, 2025
概括
来自人类皮肤细胞的细胞外囊泡 (EVs) 携带了染色体外圆形DNA (eccDNAs). 这项突破性的研究揭示了EV中的eccDNA,为了解细胞通信和皮肤衰老开辟了新的途径.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 染色体外圆形DNA (eccDNA) 是染色体外发现的DNA分子,涉及到细胞过程.
- 细胞外囊泡 (EVs) 对于细胞间通信至关重要,并含有各种生物分子,包括核酸.
- 在电动汽车中eccDNA的存在和作用在很大程度上仍未被探索.
研究的目的:
- 为了研究来自人类皮肤纤维细胞的细胞外囊中eccDNA的存在.
- 为了描述这些EV和它们的供体细胞中发现的eccDNA.
- 为未来的研究建立一个分析电动汽车eccDNA的框架.
主要方法:
- 从人类皮肤纤维细胞衍生的EV和使用牛津纳米孔MiniON的捐赠细胞中分离和测序eccDNA.
- 生物信息分析使用四种不同的管道 (ecc_Finder,循环调用,CReSIL,Flec) 进行eccDNA识别.
- 描述eccDNA大小,染色体分布和基因片段含量.
主要成果:
- 首次证明,人类皮肤纤维细胞衍生的EVs含有eccDNA.
- 在不同的生物信息管道和生物复制品中观察到eccDNA检测的变异性.
- 特征性eccDNA范围从306到28,958个基对,具有不均的染色体分布和近一半的已识别的eccDNA中的基因片段.
结论:
- 人体皮肤纤维细胞EV是eccDNA的载体,这表明它们在细胞间货物转移中起着作用.
- 方法的变化影响了eccDNA识别,突出了对标准化方法的需求.
- 这项研究为探索有关皮肤衰老和皮肤细胞生物发生的EV中的eccDNA提供了基础.
