一种冷活性蛋白酶组织解离协议,用于保存肌纤维细胞转录组
Arul Subramanian1, Pavan K Nayak1, Thomas F Schilling1
1Department of Developmental and Cell Biology, University of California, Irvine, CA, USA.
Bio-protocol
|May 14, 2025
概括
与传统的温暖方法相比,4°C的组织冷蛋白酶解离减少了转录应激和文物. 这样可以在细胞中保存原生基因表达,如细胞,以获得更准确的测序数据.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 传统的组织解离用于测序通常使用28-37°C的蛋白酶,诱导转录细胞应激.
- 这种压力可以改变RNA测序数据的解释,特别是在敏感组织中.
研究的目的:
- 调查冷活性蛋白酶解离能否改善斑马鱼肌和带中的细胞类型特异转录.
- 为了将冷蛋白酶解离与传统的热原酶方法进行比较,以获得RNA测序质量.
主要方法:
- 使用subtilisin A在4°C时分离斑马鱼肌和带.
- 结果与使用大量RNA测序在37°C的传统原酶解离结果进行了比较.
主要成果:
- 高温解离导致了十细胞中的一般细胞应激.
- 热分离特别下调基因,对细胞特异化和细胞外基因生产至关重要.
- 冷蛋白酶解离减少了转录文物,并更好地保存了原生基因表达.
结论:
- 冷活性蛋白酶解离减少了转录文物,提高了RNA测序数据的稳定性.
- 这种方法更好地反映了原生体内组织微环境,特别是对于敏感细胞类型.


