snPATHO-seq:FFPE单核RNA测序的详细协议
Wani Arjumand1,2, Kellie Wise3,4,5, Hannah DuBose1,2
1Center for Spatial Omics, St Jude Children's Research Hospital, Memphis, TN, USA.
Bio-protocol
|May 14, 2025
概括
我们开发了snPATHO-seq,这是一种新方法,用于从档案形式素固化嵌 (FFPE) 组织中获得高质量的单核转录学. 这种方法克服了RNA降解,从有价值的FFPE样本收集中获得更深入的见解.
科学领域:
- 单细胞基因组学 单细胞基因组学
- 分子病理学分子病理学
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 甲固化嵌 (FFPE) 组织是一种有价值的资源,但由于RNA降解,对单细胞体质具有挑战性.
- 现有的方法很难从FFPE样本中获得高质量的转录基因数据,这限制了它们在研究中的使用.
研究的目的:
- 介绍snPATHO-seq,一种新的工作流程,用于从FFPE组织中生成高质量的单核 (sn) 转录组数据.
- 为了克服FFPE样本中RNA降解的局限性,用于先进的单细胞奥米克分析.
主要方法:
- 开发了snPATHO-seq,将FFPE组织的优化核隔离与10× Genomics Flex试验集成在一起.
- 向短RNA片段,以减轻与FFPE相关的RNA降解.
- 与新鲜/冷和各种FFPE组织,包括乳腺癌样本的标准测定进行基准测试.
主要成果:
- 在各种FFPE样本中,snPATHO-seq证明了对转录基因特征和细胞类型的稳健检测.
- 与现有的FFPE工作流程相比,实现了优越的数据质量,减少了组织碎片并保持了RNA完整性.
- 展示了高性能和细胞类型检测灵敏度,优于其他FFPE方法.
结论:
- snPATHO-seq提供了一种具有成本效益和适应性的解决方案,用于档案FFPE样本的高分辨率转录学.
- 该工作流程通过释放FFPE组织的潜力,在翻译和临床研究中推进单细胞奥米克应用.
- 当与FFPE空间转录学集成时,可以实现多模空间和单核分析.
