在RfaH C端域的折叠切换路径上解开结构转换和动力学,使用基于交换的NMR
Mengli Cai1, Jinfa Ying1, Juan M Lopez1,2
1Laboratory of Chemical Physics, National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases, NIH, Bethesda, MD 20892-0520.
概括
细菌转录调节器 RfaH 的作用.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分子生物学分子生物学
- 结构生物学 结构生物学
背景情况:
- RfaH是一种细菌转录调节剂,具有不同的N终端 (NTD) 和C终端 (CTD) 域.
- 在RNA聚合酶结合时,CTD经历了从螺旋状发针到β卷的构造切换.
研究的目的:
- 通过基于交换的NMR来研究孤立的RfaHCTD的折叠切换中间体.
- 描述这些中间状态的结构和运动性质.
主要方法:
- 基于交换的核磁共振 (NMR) 光谱学.
- 骨干化学转移分析.
- 使用CS-ROSETTA进行结构预测.
主要成果:
- 除了占主导地位的β-滚动状态 (A) 外,还确定了四种不同的折叠交换中间体 (A',B,B',B′′).
- 状态B,占用率约为23%,与状态A的交换缓慢,并且具有暂时的螺旋和β-hairpin元素.
- 中间状态A',B'和B′′的特点是它们的不同汇率和形状特征,表明复杂的折叠路径.
结论:
- 在RfaH CTD的折叠交换过程中,它会在多个短暂的,结构上不同的中间状态中填充.
- 这些发现提供了关于RfaH的动态构造格局及其由RNA聚合酶调节的见解.
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