在PROCR基因中非同义单核酸多态体对蛋白质稳定性和血栓形成风险的影响:一种分子动态方法
Hytham Ahmed Abuagla1, Khalid Mohamed Adam1, Mohamed E Elangeeb1
1Department of Medical Laboratory Sciences, College of Applied Medical Sciences, University of Bisha, Bisha, Saudi Arabia.
在PROCR基因中的遗传变异,特别是非同义单核酸多态 (nsSNP),通过破坏内皮蛋白C受体 (EPCR) 的稳定,增加了血栓形成的风险. 我们的计算分析确定了三种高风险的nsSNP,影响EPCR功能和稳定性.
科学领域:
- 遗传学和分子生物学
- 计算生物学 计算生物学
- 血管医学 血管医学
背景情况:
- 血栓瘤是一种严重的血管疾病,受遗传倾向的影响.
- 在编码内皮蛋白C受体 (EPCR) 的PROCR基因中的非同义单核酸多态 (nsSNP),与血栓形成风险有关.
- 这些nsSNP可能会损害EPCR的结构完整性和抗凝固特性.
研究的目的:
- 通过计算分析PROCR基因中的217个nsSNP的功能影响.
- 为了确定与血栓形成风险增加相关的特定nsSNP.
- 阐明PROCR变异影响EPCR稳定性和功能的分子机制.
主要方法:
- 使用了一种多层计算方法,包括SIFT,PolyPhen-2,SNAP2,PANTHER,SNP&GO,PhD-SNP,I-Mutant,MUpro,MutPred,ConSurf和HOPE. 在这个过程中,我们使用了多层计算方法,包括SIFT,PolyPhen-2,SNAP2,PANTHER,SNP&GO,PhD-SNP,I-Mutant,MUpro,MutPred,ConSurf和HOPE.
- 使用GROMACS.进行了100纳秒分子动力学 (MD) 模拟.
- 分析了野生类型和突变EPCR的结构偏差,灵活性,键和溶剂相互作用.
主要成果:
- 确定了三种高风险的nsSNP (T174I,N136I,L168P),它们会对EPCR功能产生负面影响.
- 这些变体破坏了糖化位点和α-螺旋体的完整性,导致蛋白质稳定性和动态变化 (增加RMSD/RMSF,减少H结合,增加SASA).
- 疾病关联工具将这些nsSNP与血栓形成的风险增加联系起来.
结论:
- 在PROCR基因中有害的nsSNP破坏了EPCR的稳定性,损害了它的功能,增加了对血栓形成的易感性.
- 已识别的nsSNP提供了对PROCR在血栓性疾病中的作用的机制性见解.
- 在 silico 方法是有价值的,以优先考虑潜在的致病变体进行进一步的研究和潜在的治疗策略.
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