乳腺癌细胞中慢性尼古丁诱导基因的数据集
Samson Mugisha1, Shreyas Labhsetwar1, Devam Dave1
1Department of Pathology, University of California, San Diego, 9500 Gilman Drive, La Jolla, CA 92093, USA.
Data in brief
|May 15, 2025
概括
尼古丁暴露会改变乳腺癌细胞中的基因表达. 这项研究确定了动态基因变化,并为进一步研究烟草使用和乳腺癌进展提供了数据.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 癌症生物学 癌症生物学
- 文字转录学 (Transcriptomics) 是一个学科.
背景情况:
- 吸烟是乳腺癌的一个重要风险因素.
- 尼古丁在乳腺癌进展中的作用是一个越来越感兴趣的领域.
- 了解尼古丁诱导的基因表达变化至关重要.
研究的目的:
- 研究慢性尼古丁暴露对HCC38乳腺癌细胞系基因表达的影响.
- 识别差异表达基因 (DEG) 和动态基因表达轨迹.
- 为分析尼古丁对异质乳腺癌细胞群的影响提供数据集.
主要方法:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 在用尼古丁或载体控制治疗的HCC38细胞上进行.
- 扫描仪用于细胞聚类和分析.
- 使用PyDESeq2进行差异基因表达分析.
- 维洛赛托被用于动态轨迹分析,以估计基因速度.
主要成果:
- 在HCC38细胞系中发现了六个不同的细胞群.
- 不同基因表达分析揭示了尼古丁治疗和对照细胞之间的显著变化.
- 动态轨迹分析确定了由于慢性尼古丁暴露而改变速度的关键基因.
- 该数据集允许检查异构HCC38系内的不同细胞类型中保存和不一致的基因表达效应.
结论:
- 长期暴露于尼古丁会诱导HCC38乳腺癌细胞系内基因表达的显著改变.
- 鉴定的DEG和动态基因速度为尼古丁在乳腺癌中的机制提供了洞察力.
- 这一数据集是未来研究烟草使用与乳腺癌进展之间的联系的宝贵资源.
