在部署的军事环境中,用于肠道微生物组分析的实地方便便便收集方法
Car Reen Kok1, James B Thissen1, Michele Cerroni2,3,4
1Lawrence Livermore National Laboratory, Livermore, California, USA.
mSphere
|May 15, 2025
概括
现场部署的便样本采集方法对于军事微生物组研究至关重要. 无论是FTA卡还是OMNIgene肠道管都能捕获大多数细菌,但需要标准化的协议来进行准确的微生物组分析.
科学领域:
- 微生物组研究的研究.
- 现场部署的样本采集采集可以在现场部署.
- 军队的医疗卫生.
背景情况:
- 推进军事卫生中的微生物组研究需要实地实用的方法来收集便样本,储存和运输.
- 准确的微生物组评估受到防腐剂和采样方法的不清楚偏差的阻碍.
- 评估与旅行者的腹易感和肠道功能恢复相关的微生物群签名很重要.
研究的目的:
- 使用两个现场部署的收集方法来比较微生物组组成:Flinters Technology Associates (FTA) 卡和OMNIgene (OG) 肠道管.
- 评估不同收集和存储方法在微生物组测量中引入的潜在偏差.
- 为实地和军事部署设置提供标准化便微生物组研究协议的设计信息.
主要方法:
- 在49名成年参与者的体样本上进行了枪支元基因组测序.
- 在国际旅行之前和期间使用FTA卡和OG管收集样本.
- 两种方法之间的微生物组组成进行了比较,考虑了无症状个体和旅行者腹的个体.
主要成果:
- OMNIgene肠道管产生了更高度的核酸和测序库.
- 大多数细菌属 (82.9%) 通过这两种方法检测到;特定于这种方法的检测是罕见的,而且数量很少.
- 贝塔多样性的差异主要是由个体间的变化驱动的,其次是采集方法和疾病状态.
- 不同的丰度分析显示了一致的差异,Corynebacterium在FTA样本中高,Blautia在OG样本中高.
结论:
- 无论是FTA卡还是OG管都适用于基于现场的微生物组研究,捕获大多数细菌基因.
- 在微生物组合中观察到的差异凸显了在研究中需要一致的,标准化的采集协议的必要性.
- 调查结果提供了基础数据,以指导用于操作和远程环境的强大的便微生物组研究协议的开发.
关键词:
现场研究 实地研究转基因组学是指转基因组学.微生物组是一个微生物组.采样采集采集采样采集采集采样采集采样采集采样采集采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样采样
