混合化SMILES和化学环境意识令牌,以提高分子结构生成性能
Herim Han1, Min Sun Yeom2, Sunghwan Choi3
1NamuICT R&D Center, NamuICT, 41 Magok Jungang 8-ro, Seoul, 07793, Republic of Korea.
我们介绍SMI+AIS,这是一种新的分子表示,通过添加化学上下文来增强简化分子输入线输入系统 (SMILES). 这通过提高机器学习模型中的结合亲和力和合成能力来改善分子设计.
科学领域:
- 计算化学是一种计算化学.
- 化学信息学 化学信息学
- 机器学习在药物发现中的作用
背景情况:
- 简化分子输入线输入系统 (SMILES) 是一种标准但有限的分子表示.
- 微笑在单个代币中缺乏代币多样性和化学背景.
研究的目的:
- 提出一种新的混合分子表示,SMI+AIS,结合SMILES和Atom-In-SMILES (AIS) 代币.
- 通过将当地化学环境信息纳入令牌来增强分子表示.
- 改进基于机器学习的分子设计.
主要方法:
- 开发了SMI+AIS混合分子表示.
- 集成的Atom-In-SMILES (AIS) 代币与标准的SMILES代币.
- 通过潜空间优化使用化学结构生成来评估性能.
主要成果:
- 与标准的SMILES相比,SMI+AIS显示结合亲和力有7%的改善.
- 在SMI+AIS中,合成能力增加了6%.
- 混合表示有效地捕捉了化学上下文,而不需要为稀有元素添加令牌.
结论:
- SMI+AIS提供了比标准SMILES更具信息性的分子表示.
- 这种增强的表示可以改善机器学习驱动的分子设计中的关键指标.
- 在化学领域的机器学习任务中,SMI+AIS具有更广泛的应用潜力.
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